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8 noviembre de 2019

ÁCIDOS NUCLEICOS

La siguiente biomolécula que hemos estudiado han sido los ácidos nucleicos. Estos poseen un carácter ácido y están compuesto por C, H, O, N Y P, además poseen una gran complejidad y un elevado peso molecular. Estos están formados por nucleótidos, los nucleótidos a su vez están formados por un ÁCIDO ORTOFOSFÓRICO, una PENTOSA y una BASE NITROGENADA. En el caso de la pentosa, esta puede ser beta-D-2-desoxiribofuranosa, si forma el ADN (se llama así porque el carbono 2 del ciclo ha perdido el hidroxilo y se ha quedado un hidrógeno) y si forma ARN, será beta-D-ribofuranosa (que si que tiene el OH en el carbono 2 del ciclo. 

En cuanto a la base nitrogenada, estas son compuestos heterocíclicos (en el anillo presentan diferentes elementos), poseen nitrógeno y un carácter básico. Estas bases pueden ser purinas (adenina y guanina) o pirimidinas (citosina, timina "solo en ADN" y uracilo "solo en ARN").

La unión de la pentosa y la base nitrogenada forma los NUCLEÓSIDOS, y esa unión se produce mediante un enlace N-GLUCOSÍDICO entre el OH del C1' de la pentosa y el H del NH2 del C9 de la base si es una PURINA y si es una PIRIMIDINA será el C1. En la formación de este enlace se pierde una molécula de H2O. Podemos encontrar 2 tipos de nucleósidos dependiendo del tipo de pentosa que lo forme, sería desoxirribonucleósidos (si es beta-D-2desoxirribofuranosa) y ribonucleósidos (si es beta-D-ribofuranosa). Un ejemplo de estos son la adenosina (adenina + ribosa) o desoxiadenosina (si es desoxirribonucleótido).

La unión de estos nucleósidos a un ácido fosfórico forma los NUCLEÓTIDOS, y esa unión se produce mediante un ENLACE ÉSTER, entre un OH de un ácido fosfórico y un OH de la pentosa, frecuentemente del C5' de esta pentosa. En la formación de ese enlace se pierde una molécula de H2O. Además existen nucleótidos nucleicos (forman ácidos nucleicos) y nucleótidos no nucleicos (que no forman ácidos nucleicos pero si compuestos de interés). Los nucleótidos nucleicos a la vez también pueden ser ribonucleótidos o desoxirribonucleótidos dependiendo de la pentosa que posee. Un ejemplo de ribonucleótido sería el AMP, es decir, adenosín-5'-monofosfato, también se puede llamar ácido adenílico o adenosina. Y si fuese desoxirribonucleótidos se pondría desoxi- delante del nombre. 

Estos nucleótidos se unen entre si mediante ENLACES FOSFODIÉSTER 5'-3', ya que el ácido fosfórico se une por un lado mediante un enlace ester al C5' de la pentosa y por otro lado, un OH de ese ácido reacciona con el OH del C3' de la pentosa de otro nucleótido. De esa manera se obtiene una cadena de nucleótidos, cuyo eje está formado por las pentosas y los ácidos fosfóricos que se van sucediendo, y de las pentosas salen las bases nitrogenada. Esta cadena presenta un extremo 5'(inicio), donde se verá el ácido fosfórico libre y un extremo 3', donde se verá el OH del C3' de la pentosa. 

 

 

Existen 2 tipos de ácidos nucleicos que son el ADN y el ARN

En primer lugar, el ADN está formado por desoxirribonucleótidos-5-monofosfato (presenta timina, pero no uracilo). El ADN se encuentran en el núcleo de las células eucariotas, en las mitocondrias y en los cloroplastos, y en las células procariotas. Además presenta un elevado peso molecular y la longitud varía dependiendo del organismo en el que se encuentre, podemos ver desde 5 microm en algunos virus hasta 13 cm en la mosca del vinagre, en nuestro cosa es de 5 cm. El ADN es bicatenario, (2 cadenas), excepto en algunos virus, que son monocatenarios. Existen diferentes tipos de ADN, dependiendo del número de cadenas  (monocatenario o bicatenario " en la mayoría de organismos"), según la forma (lineal "en el núcleo de la células eucariotas durante la interfase" o circular "en células procariotas, mitocondrias y cloroplastos) y dependiendo de las moléculas que contribuyen a su empaquetamiento están el ADN asociado a histonas, el asociado a protaminas (núcleo de los espermatozoides) y el de las células procariotas que se asocia a proteínas parecidas a las histonas, otras no histónicas y el ARN). 

Además el ADN presenta diferentes niveles de complejidad. En primer lugar, está la ESTRUCTURA PRIMARIA que es la secuencia lineal de nucleótidos, que posee el mensaje genético que determina la íntesis de proteínas y por tanto las características biológicas de cada individuo. Después está la ESTRUCTURA SECUNDARIA, la cual es la disposición espacial de la primaria, y Watson y Crick fueron los que determinaron la forma de doble hélice a partir de descubrimientos científicos de la época como por ejemplo el de Chargaff que determinó el principio de equivalencia de las bases o el de Franklin y Wilkings, que descubrieron que era fibrilar con una radio de 20 A, y que cada 3.4 A presenta un par de bases y por otro lado cada 34 A se produce un giro a la doble hélice y hay 10 nucleótidos por vuelta. Watson y Crick determinaron que la doble hélice es antiparalela (una hebra tiene dirección 5'-3' y la otra 3'-5'), que el giro es dextrógiro y plectonémico (una hebra gira alrededor de la otra), y que se unen por las bases nitrogenadas mediante puentes de hidrógeno. 

El siguiente nivel es la ESTRUCTURA TERCIARIA, en la cual esa fibra de 20 A se enrrolla sobre si misma y se forma una superhélice. Una hebra da más vueltas hacia la derecha que la otra, se produce un superenrrollamiento. 

En el caso de las células eucariotas estas se pueden seguir empaquetando, asociándose a histonas y en el caso de los espermatozoides a protaminas.

  • Existe el primer nivel de empaquetamiento o FIBRA DE CROMATINA DE 100 A, en la que esa fibra de 20 A se asocia a histonas. Este nivel está formado por una secuencia de partículas de 100 A que son los nucleosomas (están formados por 8 histonas) y una fibra de ADN y el ADN espaciador (entre nucleosomas) se tensa cuando se asocia a histonas 1.

  • Después está el segundo nivel de empaquetamiento o FIBRA DE CROMATINA DE 300 A, en el que la fibra de 100A se enrrolla sobre si misma y se acorta su longitud hasta 5 veces, este nivel ya se ve en los cromosomas.

  • Y después esta el tercer nivel o DOMINIO DE ESTRUCTURA EN BLOQUES, que es lo que presenta la fibra de 300 A, y se mantiene estable por un andamio proteico. Y a veces se enrolla sobre si misma dando lugar a prominencias de 600 A.

  • Existe un nivel superior de empaquetamiento en el que se ha visto un eje de proteínas MSC, que mantiene la forma de los nucleosomas y que además disminuye su tamaño.

En cuanto al ARN, las diferencias con respecto al ADN, son que está formado por ribonucleótidos-5-monofosfato, poseen uracilo y no timina, y son más cortos y de menos peso molecular que el ADN, además se encuentra tanto en el citoplasma como en el núcleo. Y es monocatenario menos algunos virus y algunas zonas de algunos arn. 

Existen diferentes tipos de ARN que son:

  • ARN MENSAJERO: presenta una sola cadena de ribonucleótidos (generalmente es monocatenario y lineal) y lo que hace es hacer una copia de un determinado segmento de ADN en el núcleo (para lo cual coge la cadena de ADN de dirección 3'-5', para que posteriormente se forme el ARN con la dirección 5'-3') y a través de los poros que atraviesan la envoltura nuclear lleva esa copia hasta el citoplasma (TRANSCRIPCIÓN). Este tipo de ARN es distinto en las células eucariotas y en las células procariotas. En las células eucariotas presenta zonas monocatenarias y de doble hélice, formando lo que se conoce como "lazos de herradura", además esta unido a proteínas y es el pre-ARNm pues antes de su maduración presenta intrones (no tienen información) y exones (si que tienen información). Por otro lado, es MONOCISTRÓNICO, es decir, solo tiene información para la síntesis de un tipo de proteínas. Además presenta en el extremo 5', una metil-guanosina trifosfato invertida y metilada en el carbono siete, que forma lo que se conoce como capucha, y por otro lado en el extremo 3' presenta una cola que está formada por 200 nucleótidos de adenina, lo que recibe el nombre de poli A. 

Sin embargo en la célula procariota, no presenta intrones, tampoco capucha ni cola (aunque si que puede presentar una pequeña cantidad de nucleótidos de adenina y también nucleótido trifosfato no invertido. Además puede ser POLICISTRÓNICO, es decir, contiene información para la síntesis de más de un tipo de proteínas. 

 

  • ARN TRANSFERENTE: Este presenta una cantidad de 80-100 nucleótidos, está formado por moléculas de tamaño pequeño. Esta formado por una cadena doblada que en algunos tramos presenta doble hélices, estructura secundaria. Esta parte se encuentra en los brazos, son enfrentamientos de bases nirogenadas que se unen mediante puentes de hidrógeno según la compatibilidad A-U y C-G. El primer brazo con respecto al extremo 3' (que presenta en su comienzo una proteína alanina) se llama brazo T, y posee una base llamada RIBOTIMIDINA, el siguiente es el brazo del ANTICODÓN y posee una base llamada INOSINA (este presenta el anticodón complementario con un CODÓN del ARNm. Y el siguiente brazo es el D, el cual posee la HIDROXIURIDINA. Este ARN lo que hace es buscar aminoácidos en el citoplasma, y los lleva hasta los ribosomas donde los va a colocar según la secuencia que dicte el ARNm para sintetizar las proteínas (TRADUCCIÓN). Existen 50 tipos de ARNt, que se sintetizan en el núcleo y salen al citoplasma para realizar su función. 

  • ARN RIBOSÓMICO: Está formado por moléculas de diferentes tamaños que presentan una cadena de nucleótidos, los cuales algunas zonas presentan doble hélice. Estos se asocian a proteínas formando los ribosomas, que están formados por dos unidades. La masa de los ribosomas y del ARNr, se mide con UNIDADES DE SVEDBERG, el cual muestra la sedimentación. En el caso de los ribosomas de las células procariotas, son de 70 S, la parte pequeña es de 30s y la grande de 70s. Y en el caso de las células eucariotas son de 80S y presentan una parte pequeña de 40S y una grande de 60S. 

  • ARN NUCLEOLAR: Es el principal componente del nucleolo, y se forma a partir de fragmentos de ADN. Un primer lugar se forma en el nucleolo un ARN de 45S, el cual se asocia a proteínas y se divide en 3 fragmentos, un ARN 18S, otro 28S y otro 5.8S. Estos se van a unir a un ARN 5S que se ha formado en el nucleoplasma (con otro ADN) y que también está asociado a proteínas y van a formar los ribosomas. 

  • ARN PEQUEÑO NUCLEOLAR: Se encuentra en el núcleo, es pequeño y tiene gran cantidad de uracilos. Este se une a proteínas y lleva a cabo la eliminación de los intrones durante la maduración del ARNm. 

  • ARN DE INTERFERENCIA: Este presenta doble hélice, y es corto solo tiene de 20-25 aminoácidos. Es utilizado por algunas enzimas para detectar ARNm y degradarlo para que se frene la producción de un determinado tipo de proteína, por ello hablamos de autocontrol celular. 

A continuación adjunto el esquema del tema.

20191108_225604.jpg
fosfodiester.png

Fuente: Tema

ADN.png
Arn mensajero.png

Fuente: Tema

transfer_rna_sm.jpg

Fuente: Creación propia

ACTIVIDADES

1. En relación a la siguiente figura:

Indica que molécula representa y cuál es la composición de los monómeros que la forman.

Es un ácido nucleico, más concretamente un ARN y dentro de este un ARN transferente. El cual está compuesto por ribonucleótidos-5-monofatos, es decir, la pentosa que presenta es una beta-D-ribofuranosa. Y por otro lado, las bases pueden ser dentro de las purinas: adenina y guanina, y dentro de las pirimidinas: citosina y uracilo (no timina como posee el ADN). Las bases y las ribosas se unen mediante enlaces N-glucosídicos (en los que reaccionan el H del NH2 del C9 de la base si es purina y del C1 si es pirimidina, con el el OH del C1' de la ribosa). Y posteriormente los nucleósidos (base+ribosa) se unen con los ácidos fosfóricos mediante enlaces éster, (en los que se esterifican un OH libre del ácidos fosfórico con un OH libre de la pentosa, generalmente del C5'), formándose de esa manera los nucleótidos. Posteriormente los diferentes nucleótidos se unen mediante enlaces fosfodiéster 5'-3'. Uno de estos enlaces éster se produce entre el OH del C5' de la pentosa y un OH del ácido fosfórico. Y en el otro entre un OH del mismo ácido fosfórico y con el OH del C3' de la pentosa de otro nucleótido.

Explica que tipo de interacciones se producen para formar la estructura secundaria de la molécula.

En primer lugar, se produce un enlace N-glucodísico que es el que va a unir la base nitrogenada con la pentosa, las cuales se juntarán posteriormente con un ácidos fosfórico para dar lugar a los nucleótidos que componen las cadenas de los ácidos nucleicos, en este caso del ARN. Este enlace se produce entre el OH del C1' de la pentosa, que en el caso del ARN es la beta-D-ribofuranosa (en el carbono 2 de ese ciclo tiene un OH) y el H del NH2 del C9 de la base nitrogenada (en el caso que sea una purina "adenina y guanina") o del C1 (en el caso que sea una pirimidina "citosina y uracilo"). En la formación de este enlace se pierde una molécula de H2O. De esa manera, se ha formado el nucleósido, que es la unión de una base nitrogenada y una pentosa.

Posteriormente, se produce la unión de un ácido fosfórico con ese nucleósido que se ha formado anteriormente,más concretamente se le une un monofosfato, ya que el ARN está formado por desoxirribonucleótidos-5-monofosfatos. Esta unión recibe el nombre de enlace éster y se produce cuando se esterifican un OH libre del ácido fosfórico y un OH de la pentosa (beta-D-ribofuranosa), que generalmente es el C5'. En la formación de ese enlace se pierde también una molécula de  H2O. 

Así, hemos obtenido un nucleótido (más concretamente ribonucleótido), que posteriormente se unirá a otros ribonucleótidos para dar lugar a esa cadena de ARN que compone el ARN transferente. Este enlace recibe el nombre de enlace fosfodiéster 5'-3', pues el ácido fosfórico se encuentra por un lado formando un enlace éster con el C5' de la pentosa (beta-D-ribofuranosa) y por otro lado, formando otro enlace éster con el OH del C3' de la pentosa (beta-D-ribofuranosa) de otro nucleótido. 

En el caso de este ARN , que es el transferente, únicamente está formado por una cadena, pero presenta zonas con doble hélice (que se llaman brazos, más concretamente hay 4), en las que las bases se encuentran enfrentadas, según compatibilidad A-U y G-C y se encuentran unidas mediante puentes de hidrógeno, que en el caso de la A-U son 3, y en el caso de G-C son 2.

 

Indica en que proceso biológico está implicada y cuál es su función, explicando el papel de las zonas marcadas como A y B.

El ARN transferente va a llevar a cabo el proceso de traducción. El ARNt lo que va a hacer es coger aminoácidos del citoplasma y los lleva hasta los ribosomas, aquí es donde entra en juego esa parte A que nos indica la figura, pues es por esa parte (que presenta el aminoácido alanina), por donde se produce la unión del aminoácido que ha cogido del citoplasma. Posteriormente lo que ocurre es que tras haber llegado ese ARNm que había realizado una copia de un determinado fragmento de ADN en el núcleo (transcripción), el ARNt, mediante esa parte B que nos indica la figura que es el anticodón (formado por un triplete, 3 letras) va a buscar a lo largo de esa copia de ARNm a su codón complementario, es decir, a ese conjunto de 3 letras "3 bases", que son sus complementarias. De esa manera en el momento en que la encuentra el aminoácido será codificado por lo que el ARNt se irá y el aminoácido que ya se ha codificado se unirá al siguiente aminoácido del siguiente ARNt que llegue. De esa manera se irá formando una secuencia de aminoácidos, que posteriormente dará lugar a una proteína. Es decir, lo que hace el ARNt es traducir la secuencia de nucleótidos del ARNm en los ribosomas.

2. Explica, basándote en su estructura, por qué el ADN es una molécula que contiene información.

En primer lugar como primer nivel de complejidad en el ADN se encuentra la estructura primaria y es que está es la secuencia lineal de nucleótidos unidos mediante enlace fosfodiéster 5'-3'. De esa manera se obtiene una cadena que tiene dirección 5'-3' (es decir, en el extremo 5' que es el inicio, lo primero que veremos será el ácido fosfórico con un solo enlace, mientras que en el extremo 3' que es el final lo que veremos será el OH del C3' de la pentosa). El eje central de esa cadena son la pentosa y el ácido fosfórico que se suceden alternativamente y de las pentosas salen las bases nitrogenadas. En esta estructura primaria es donde se encuentra esa secuencia de bases específica para la síntesis de un tipo de proteína, por tanto es la que determina las características biológicas de cada individuo. Es decir, que el mensaje genético se encuentra en esa secuencia de bases. La formación de esas proteínas será llevada a cabo de la siguiente manera. Mediante el proceso de transcripción el ARNm va a realizar una copia de un determinado fragmento de ese ADN, que posteriormente será llevada a los ribosomas, para que al ARNt (que lleva los aminoácidos en función de la secuencia de ARNm) mediante el proceso de traducción vaya codificando los diferentes aminoácidos formando la proteína.

Sin embargo, la estructura del ADN no solo se queda en un nivel primario, después está la estructura secundaria, esta consiste en la disposición espacial de la primaria y Watson y Crick fueron los que determinaron su forma de doble hélice, a consuencia de una serie de descubrimientos que se hicieron en el momento. Uno de ellos fue el de Chargaff que descubrió el principio de equivalencia de las bases, que decía que el número de bases purinas es igual que el de pirimidinas y que por tanto el número de adeninas es igual al de timinas y el número de citosinas al de guaninas. 

Por otro lado, Wilkings y Franklin descubrieron que tenía un carácter fibrilar (largo y delgado), un radio de 20 A y 2 estructuras que se repiten, que son cada 3.4 A un par de bases y cada 34 A una vuelta a la hélice, por tanto hay 10 nucleótidos por vuelta. Además las dispersiones acuosas del ADN, mostraban  una resistencia y viscosidad superiores a las esperadas.

Por ello Watson y Crick, determinaron esa doble hélice, en la que las dos cadenas son antiparalelas, es decir, una tiene una dirección 5'-3' y la otra 3'-5'. Además se mantienen unidas mediante puentes de hidrógeno entre las bases nitrogenadas (que son 3 en el caso de A-T y 2 en el caso de C-G. Y por otro lado, se trata de un giro dextrógiro y plectonémico (porque es una cadena la que gira sobre la otra).

Esta estructura se puede desnaturalizar a 100º, pero también se puede renaturalizar (recuperar su forma compleja) a 65º. Esto se suele utilizar para hibridar cadenas de ADN y saber el grado de parentesco.

Después la estructura terciaria, en la que se produce en superenrrollamiento, se forma una superhélice, pues una de las hélices da más vueltas a la derecha que la otra y se crea una tensión. Se puede ver en el ADN circular de mitocondrias, cloroplastos,...

En las células eucariotas el ADN se puede seguir empaquetando al unirse a proteínas histonas, excepto en el caso de los espermatozoides que se asocian a protaminas, que consiguen lo mismo que las histonas. En este empaquetamiento existen diferentes niveles. 

En primer lugar está el primer nivel de empaquetamiento, fibra de cromatina de 100 A, collar de perlas, filamento nucleosómico y nucleofilamento.

Este se encuentra en el núcleo de las células eucariotas durante la interfase, (de ahí surge el concepto "eurocromatina"), excepto en los espermatozoides. En este nivel la fibra de cromatina está formada por una secuencia de partículas de 100 A de diámetro, que se llaman nucleosomas. Los nucleosomas están formados por octómeros de histonas, es decir, presentan 8 histonas que son 2 H2A, 2 H2B, 2 H3 y 2 H4. Y además también están formados por una cadena de ADN de 200 pares de bases de longitud. 

Entre esos nucleosomas se encuentran fragmentos de ADN que reciben el nombre de ADN espaciador, que es laxo, pero este se asocia a histonas H1 y se tensa. 

El siguiente nivel de empaquetamiento es el segundo nivel de empaquetamiento, fibra de cromatina de 300 A o solenoide. En este nivel esa fibra de 100 A se enrolla sobre si misma y ahora por cada vuelta encontramos 6 H1 y 6 nucleosomas, estos se agrupan entre sí y forman el eje central de esa nueva fibra de cromatina de 300 A que se ha formado. En ese nivel se ha acortado hasta 5 veces la longitud de la fibra de cromatina de 100 A. Este nivel de empaquetamiento lo vemos en los cromosomas.

El siguiente nivel, es el tercer nivel de empaquetamiento o dominio en forma de bucle. En este nivel esa fibra de 300 A presenta una serie de bucles que reciben el nombre de dominios estructurales en forma de bucle. Estos se mantienen debido a un andamio proteico. A veces están enrollados sobre sí mismos formando prominencias de 600 A. 

Por último se ha detectado un nivel superior de empaquetamiento en el que hay un eje de proteínas MSC, que contiene histonas y topoisomerasas. Este eje mantiene la estructura de los cromosomas y reduce mucho su tamaño.

3. En la siguiente figura se muestran las fórmulas químicas de algunas biomoléculas. Indica:

a) Cuál corresponde a un ácido graso insaturado. 

b) Cuál es una piranosa.

c) Cuáles forman parte del ADN.

d) Cuál corresponde a un ácido graso saturado.

e) Cuál forma parte de proteínas.

 

4. Explica las diferencias químicas y estructurales entre el ADN y el ARN.

Las diferencias entre el ADN y el ARN se pueden clasificar según:

Composición: El ADN en sus nucleótidos presenta en el caso de las pentosa, una beta-D-2-desoxirribofuranosa, pues en el C2' de la pentosa no presenta OH sino H. Mientras que en el caso del ARN, este posee una beta-D-ribofuranosa, pues esta en el C2' si que presenta un OH. Por otro lado, con respecto a las bases, ambos poseen las bases purinas, que son adenina y guanina, sin embardo en el caso de las pirimidinas, el ADN tiene citosina y timina, y el ARN tiene citosina y uracilo. Por lo que a la hora de la compatibilidad por ejemplo en el ARNm hay que tener en cuenta que es A-U y no A-T porque el ARN no presenta timina.

Estructura: En el caso del ADN este es bicatenario, es decir, tiene dos cadenas, doble hélice, excepto algunos virus que son monocatenarios. Sin embargo el ARN es monocatenario, excepto algunas zonas de dentro de los tipos de ARN que presentan doble hélice, como puede ser el ARN transferente, en esos brazos en los que están enfrentadas las bases nitrogenadas. Además el ADN es más grande, complejo y de mayor peso molecular, mientras que el ARN es más pequeño y presenta un menor peso molecular. 

Otra diferencia estructural es que el ADN presenta diferentes niveles de complejidad, mientras que el ARN no. 

Según el lugar donde se encuentran: El  ADN se encuentra en el núcleo de las células eucariotas (en forma lineal durante la interfase), en las mitocondrias y en los cloroplastos, y también en células procariotas. En estos 3 últimos se encuentra en forma circular. Mientras que el ARN se encuentra tanto en el núcleo como en el citoplasma. 

En cuanto a la función: El ADN es el que lleva esa secuencia, esa información para la síntesis de proteínas, que desempeñarán una función biológica, y por tanto es el que dicta las ordenes en la sintesís de proteínas. Mientras que el ARN es el que se encarga de llevar a cabo esas órdenes que dicta el ADN.

Otra diferencia es que el ADN es poco resistente al daño de los rayos UV, mientras que el ARN es relativamente resistente al daño UV.

A

3, que es un ácido graso insaturado

B

5, que es la glucosa

C

2, que es una base nitrogenada y 6, que es una beta-D-2-desoxirribofuranosa

D

4, que es un ácido graso saturado

E

1, que es un aminoácido

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Por último, tras haber realizado el test de ácidos nucleicos, este es el resultado que ha obtenido.

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